در موارد مذکور فوق که از لحاظ اصول شهرسازی یا فنی یا بهداشتی قلع تأسیسات و بناهای خلاف مشخصات مندرج در پروانه ضرورت داشته باشد یا بدون پروانه شهرداری ساختمان احداث یا شروع به احداث شده باشد به تقاضای شهرداری موضوع در کمیسیونهایی مرکب از نماینده وزارت کشور به انتخاب وزیر کشور و یکی از اعضای انجمن شهر، به انتخاب انجمن مطرح می‌شود. کمیسیون پس از وصول پرونده به ذینفع اعلام میکند که ظرف ده روز توضیحات خود را کتباً ارسال دارد پس از انقضاء مدت مذکور کمیسیون مکلف است موضوع را با حضور نماینده شهرداری که بدون حق رأی برای ادای توضیح شرکت میکند ظرف مدت یکماه تصمیم مقتضی بر حسب مورد اتخاذ کند در مواردی که شهرداری از ادامه ساختمان بدون پروانه یا مخالف مفاد پروانه جلوگیری میکند مکلف است حداکثر ظرف یک هفته از تاریخ جلوگیری موضوع را در کمیسیون مذکور مطرح کند در غیر این صورت کمیسیون به تقاضای ذینفع به موضوع رسیدگی خواهد کرد.

تبصره 2: در مورد اضافه بنا زائد بر مساحت زیربنای مندرج در پروانه ساختمانی واقع در حوزه استفاده از اراضی مسکونی کمیسیون می‌تواند در صورت عدم ضرورت قلع اضافه بنا با توجه به موقعیت ملک از نظر مکانی (در بر خیابانهای اصلی یا خیابانهای فرعی و یا کوچ بن‌باز یا بن‌بست) رأی به اخذ جریمه‌ای که متناسب با نوع استفاده از فضای ایجاد شده و نوع ساختمان از نظر مصالح مصرفی باشد تعیین و شهرداری مکلف است بر اساس آن نسبت به وصول جریمه اقدام کند (جریمه نباید از حداقل یک دوم کم‌تر و از سه برابر ارزش معاملاتی برای هر متر مربع بنای اضافه بیشتر باشد). در صورتی که ذینفع از پرداخت جریمه خودداری کرد، شهرداری مکلف است مجدداً پرونده را به همان کمیسیون ارجاع و تقاضای صدور رأی تخریب را بکند. کمیسیون در این مورد نسبت به صدور رأی تخریب اقدام خواهد نمود.

تبصره 3: در مورد اضافه بنا زائد بر مساحت مندرج در پروانه ساختمانی واقع در حوزه استفاده از اراضی تجارتی و صنعتی و اداری کمیسیون می‌تواند در صورت عدم ضرورت قلع اضافه بنا با توجه به موقعیت ملک از نظر مکانی (در بر خیابانهای اصلی یا خیابانهای فرعی و یا کوچه بن‌باز یا بن‌بست) رأی به اخذ جریمه‌ای که متناسب با نوع استفاده از فضای ایجاد شده و نوع ساختمان از نظر مصالح مصرفی باشد تعیین و شهرداری مکلف است بر اساس آن نسبت به وصول جریمه اقدام کند (جریمه نباید از حداقل دو برابر کم‌تر و از چهار برابر ارزش معاملاتی ساختمان برای هر متر مربع بنای اضافی ایجاد شده بیش‌تر باشد). در صورتی که ذینفع از پرداخت جریمه خودداری کرد شهرداری مکلف است مجدداً پروانه را به همان کمیسیون ارجاع و تقاضای صدور رأی تخریب بکند.

تبصره 4: در مورد احداث بنای بدون پروانه در حوزه استفاده از اراضی مربوطه در صورتی که اصول فنی و بهداشتی و شهرسازی رعایت شده باشد کمیسیون می‌تواند با صدور رأی اخذ جریمه به ازاء هر متر مربع بنای بدون مجوز یک دهم ارزش معاملاتی ساختمان یا یک پنجم ارزش سرقفلی ساختمان در صورتی که ساختمان ارزش دریافت سرقفلی داشته باشد، هر کدام که مبلغ آن بیش‌تر است از ذینفع، بلامانع بودن صدور برگ پایان ساختمان را به شهرداری اعلام کند. اضافه بنا زائد بر تراکم مجاز بر اساس مفاد تبصره‌های 2 و 3 عمل خواهد شد.

تبصره 5: در مورد عدم احداث پارکینگ و یا غیرقابل استفاده بودن آن و عدم امکان اصلاح آن کمیسیون می‌تواند با توجه به موقعیت محلی و نوع استفاده از فضای پارکینگ، رأی به اخذ جریمه‌ای که حداقل یک برابر و حداکثر دو برابر ارزش معاملاتی ساختمان برای هر متر مربع فضای از بین رفته پارکینگ باشد، صادر کند (مساحت هر پارکینگ با احتساب گردش 25 متر مربع می‌باشد). شهرداری مکلف به اخذ جریمه تعیین شده و صدور برگ پایان ساختمان می‌باشد.

تبصره 7: (اصلاحی 27/6/1358) مهندسان ناظر ساختمانی موکلفند نسبت به عملیات اجرایی ساختمانی که به مسوولیت آنان احداث می‌گردد، از لحاظ انطباق ساختمان با مشخصات مندرج در پروانه و نقشه‌ها و محاسبات فنی ضمیمه آن مستمراً نظارت کرده و در پایان کار مطابقت ساختمان با پروانه و نقشه و محاسبات فنی را گواهی کنند. هر گاه مهندس ناظر بر خلاف واقع گواهی کند و یا تخلف را بموقع به شهرداری اعلام نکند و موضوع منتهی بطرح در کمیسیون مندرج در تبصره یک ماده 100 قانون شهرداری و صدور رأی بر جریمه یا تخریب ساختمان گردد، شهرداری مکلف است مراتب را به نظام معماری و ساختمانی منعکس کند. شورای انتظامی نظام مذکور موظف است مهندس ناظر را در صورت ثبوت تقصیر برابر قانون نظام معماری و ساختمانی حسب مورد با توجه به اهمیت موضوع به 6 ماه تا سه سال محرومیت از کار و در صورتی که مجدداً مرتکب تخلف شود که منجر به صدور رأی تخریب به وسیله کمیسیون ماده 100 گردد به حداکثر مجازات محکوم کند. مراتب محکومیت از طرف شورای انتظامی نظام معماری و ساختمانی در پروانه اشتغال درج و در یک یا چند مورد از جراید کثیرالانتشار اعلام می‌گردد. شهرداری مکلف است تا صدور رأی محکومیت به محض وقوف از تخلف مهندس ناظر و ارسال پرونده کمیسیون ماده 100 بمدت حداکثر 6 ماه از اخذ گواهی امضا مهندس ناظر مربوطه برای ساختمان جهت پروانه ساختمان شهرداری خودداری کند. مأمورین شهرداری نیز موکلفند در مورد ساختمانها نظارت کند و هر گاه از موارد تخلف در پروانه بموقع جلوگیری نکنند و یا در مورد صدور گواهی انطباق ساختمان با پروانه مرتکب تقصیری شوند، طبق مقررات قانون ی به تخلف آنان رسیدگی می‌شود و در صورتی که عمل ارتکابی مهندسان ناظر و مأمورین شهرداری واجد جنبه جزایی هم باشد از این جهت نیز قابل تعقیب خواهند بود. در مواردی که شهرداری مکلف به جلوگیری از عملیات ساختمان است و دستور شهرداری اجرا نشود می‌تواند با استفاده از مأمورین اجراییات خود و در صورت لزوم مأمورین انتظامی برای متوقف ساختن عملیات ساختمانی اقدام کند.

تبصره 8: (اصلاحی 27/6/1358) دفاتر اسناد رسمی مکلفند قبل از انجام معامله قطعی در مورد ساختمانهای گواهی پایان ساختمان و در مورد ساختمانهای ناتمام گواهی عدم خلاف تاتاریخ انجام معامله را که توسط شهرداری صادر شده باشد ملاحظه و مراتب را در سند قید کند. در مورد ساختمانهایی که قبل از تصویب قانون 6 تبصره الحاقی به ماده 100 قانون شهرداریها (24/11/1355) معامله انجام گرفته و از ید مالک اولیه خارج شده باشد، در صورتی که مورد معامله کل پلاک را شامل نگردد گواهی عدم خلاف یا برگ پایان ساختمان الزامی نبوده و با ثبت و تصریح آن در سند انجام معامله بلامانع می‌باشد.

تبصره 9: (الحاقی 27/6/1358) ساختمانهایی که پروانه ساختمان آنها قبل از تاریخ تصویب نقشه جامع شهر، صادر شده است از شمول تبصره یک ماده 100 قانون شهرداری معاف می‌باشند.

تبصره 10: (الحاقی 27/6/1358) در مورد آراء صادره از کمیسیون ماده 100 قانون شهرداری هر گاه شهرداری یا مالک یا قائم مقام او از تاریخ ابلاغ رأی ظرف مدت ده روز نسبت به آن رأی اعتراض کند، مرجع رسیدگی به این اعتراض کمیسیون دیگر ماده 100 خواهد بود که اعضای آن غیر از افرادی باشند که در صدور رأی قبلی شرکت داشته‌اند. رأی این کمیسیون قطعی است.

تبصره 11: (الحاقی 27/6/1358) آیین‌نامه ارزش معاملاتی ساختمان پس از تهیه توسط شهرداری و تصویب انجمن شهر در مورد اخذ جرائم قابل اجراست و این ارزش معاملاتی سالی یکبار قابل‌تجدیدنظر خواهد بود.