وظایف و اختیارات سازمان به شرح زیر میباشد:
الف) بازرسی و نظارت مستمر کلیه وزارتخانهها و ادارات و امور اداری و مالی دادگستری، سازمانها و دستگاههای تابعه قوه قضاییه و نیروهای نظامی و انتظامی و مؤسسات و شرکتهای دولتی و شهرداریها و مؤسسات وابسته به آنها و دفاتر اسناد رسمی و مؤسسات عامالمنفعه و نهادهای انقلابی و سازمانهایی که تمام یا قسمتی از سرمایه یا سهام آنان متعلق به دولت است یا دولت به نحوی از انحاء بر آنها نظارت یا کمک مینماید و کلیه سازمانهایی که شمول این قانون نسبت به آنها مستلزم ذکر نام آنها است بر اساس برنامه منظم.
ب) انجام بازرسیهای فوقالعاده حسبالامر مقام معظم رهبری و یا به دستور رئیس قوه قضاییه و یا درخواست رئیس جمهور و یا کمیسیون اصل 90 قانون اساسی مجلس شورای اسلامی و یا بنا به تقاضای وزیر یا مسئول دستگاههای اجرائی ذیربط و یا هر موردی که به نظر رئیس سازمان ضروری تشخیص داده شود.
ج) اعلام موارد تخلف و نارساییها و سوء جریانات اداری و مالی در خصوص وزارتخانهها و نهادهای انقلاب اسلامی و بنیادها به رئیس جمهور و در خصوص مؤسسات و شرکتهای دولتی و وابسته به دولت به وزیر ذیربط و در مورد شهرداریها و مؤسسات وابسته به وزیر کشور و در خصوص مؤسسات غیردولتی کمک بگیر از دولت به وزیر ذیربط و در خصوص سوء جریانات اداری و مالی مراجع قضایی و واحدهای تابعه دادگستری به رئیس قوه قضاییه و در موارد ارجاعی کمیسیون اصل90 قانون اساسی نتیجه بازرسی به آن کمیسیون اعلام خواهد شد.
د) در مواردی که گزارش بازرس متضمن اعلام وقوع جرمی است، چنانچه جرم دارای حیثیت عمومی باشد، رئیس سازمان یا مقامات مأذون از طرف وی یک نسخه از گزارش را با دلایل و مدارک مربوط برای تعقیب و مجازات مرتکب به مرجع صالح قضایی ارسال و موضوع را تا حصول نتیجه نهایی پیگیری نمایند و در مورد تخلفات اداری، انضباطی و انتظامی مستقیماً مراتب را به مراجع ذیربط منعکس نموده و پیگیری لازم را به عمل آورند. مراجع رسیدگیکننده مکلفند وقت رسیدگی و جهت حضور را به اطلاع سازمان بازرسی کل کشور برسانند.
تبصره 1:
در مورد جرایم منتهی به ورود خسارت به اموال دولتی و حقوق عمومی و تضییع آنها دادستان ضمن تعقیب کیفری متهم یا متهمان در دادگاه صالح در صورت احراز ورود خسارات و ضرر و زیان، رأساً جبران آن را بدون پرداخت هزینه دادرسی از دادگاه درخواست مینماید.
دستگاههای ذیربط موظف به همکاری با دادستان در جمع آوری دلایل و مدارک و پیگیری موضوع میباشند.
تبصره 2:
گزارشهای بازرسی در ارتباط با آییننامه و تصویبنامه و بخشنامه و دستورالعملهای صادره و شکایات اشخاص حقیقی و حقوقی غیر دولتی که حاکی از تشخیص تخلف در موارد فوقالذکر باشد جهت رسیدگی و صدور رای به دیوان عدالت اداری ارسال میگردد. رسیدگی به اینگونه موارد به طور فوقالعاده و خارج از نوبت خواهد بود.
ه) در مواردی که گزارش بازرسی متضمن اعلام تخلف اداری مدیران کل ادارات و مقامات بالاتر تا سطح وزرا و همطراز آنان باشد سازمان بازرسی کل کشور موضوع را جهت رسیدگی به هیأت تخلفات اداری نهاد ریاست جمهوری منعکس و تا حصول نتیجه پیگیری خواهد نمود.
تبصره:
رسیدگی به تخلفات مقامات و کارکنان قوای قضاییه و مقننه و نیروهای مسلح، شورای نگهبان و دستگاههای زیر نظر مقام معظم رهبری از شمول این ماده مستثنی است.